Frankie Paige, 25 Jahre alt, ist eine junge Frau, die in der amerikanischen Stadt Pittsburgh als Friseuse lebt. Sie ist nicht religiös und führt ein normales Leben. Eines Tages zeigen sich an ihren Handgelenken unerklärliche Wunden und sie wird von Visionen heimgesucht. Zuerst kann ihr keiner helfen, doch dann wird die katholische Kirche auf sie aufmerksam und der zuständige Kardinal Houseman entsendet den Pater Andrew Kiernan, der mehr über diese Geschehnisse heraus bekommen soll.

Die Kirche vermutet, dass es sich bei diesen Verletzungen um Stigmata handelt, also um Manifestationen der Wunden Jesu. Diese traten bisher immer nur bei sehr gläubigen Menschen auf, eine Beschreibung, die auf Frankie aber absolut nicht zutrifft. Doch bald zeigen sich die Zeichen der Stigmata auch in den anderen Bereichen ihres Körpers, wie an den Fußgelenken und auf der Stirn, und Frankie scheint immer stärker von einer fremden Macht besessen zu sein. Im Einfluss dieser Macht verfaßt sie einen geheimnisvollen Text in der Sprache aramäisch, welche vor 2000 Jahren von Jesus von Nazareth gesprochen worden ist. Pater Kierman informiert seine Kirche über diese Botschaft und löst damit verhängnisvolle Ereignisse aus.

Weil es auch erst so aussieht, als ob Frankie Paige von Dämonen heimgesucht wird, erscheint der Film mehr in einem düsteren Licht. Aber in Wahrheit ist es der Geist eines vor kurzem verstorbenen Priesters, der sich zu Lebzeiten mit der Übersetzung einer Schriftrolle beschäftigt hat, welche die ursprünglichen und unverfälschten Worte Jesu beschreiben sollen. Dieses Dokument, im Film das Jesus-Evangelium genannt, beginnt mit den Worten:

"Das Reich Gottes ist in Dir und um Dich herum. Und nicht in einem Gebäude aus Holz und Stein. Spalte ein Stück Holz und ich bin da. Hebe einen Stein auf und Du wirst mich finden."

Diese Worte haben eine zutiefst befreiende Botschaft. Sie sagen uns, dass wir alle direkt mit Gott verbunden sind und keine Institution Kirche benötigen, die zwischen uns Menschen und Gott vermittelt. Würde die Kirche diese Botschaft anerkennen, dann würde sie damit die Macht und Autorität, welche sie über zwei Jahrtausende aufgebaut hat, in Frage stellen müssen. Darum wird das Jesus-Evangelium im Film vom verantwortlichen Kardinal Houseman geheimgehalten. Und um seine Kirche zu retten, versucht er am Ende sogar Frankie, die Überbringerin dieser für ihn so gefährlichen Botschaft, zu töten. Aber Pater Kierman kann diese Aktion vereiteln und erhält vom verstorbene Priester (durch Frankie übermittelt) noch den Hinweis, wo die Original-Schriftrollen zu finden sind. Danach läßt der Geist die junge Frau in Frieden.